- implementar una plataforma de comunicación entre los interesados en los métodos filogenéticos.
- estimular actividades conjuntas
- desarrollar y compartir recursos de enseñanza
- divulgar el conocimiento científico sobre la biología filogenética
Comentarios y Preguntas sobre el sitio Filogenetica.org
El sitio Filogenetica.org pretende:
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Estimados, mil felicitaciones por este sitio, esta muy bueno. Yo solo quisiera sugerirles que actualizaran los cursos, ya que muchos de ellos son de años anteriores. Personalmente, necesito urgente estudiar MESQUITE, es un poco complicado, quizas si alguine pudiera organizar un curso al respecto, seria genial, ya que es muy completo y se pueden hacer muchas cosas.
ResponderEliminarFelicitaciones nuevamente y si alguien de habla hispana sabe ocupar MESQUITE, por favor que me escriba, estare etrnamente agradecido.
Pablo Valladares
Gracias Pablo por tu comentario.
ResponderEliminarTu sugerencia es apropiada, pero como en todo servicio de información, la actualización de los cursos depende de lo que me llega de los profesores.
Saludos,
Efrain
Hola Efrain, soy monserrat del curso de morfometria geometrica de la uam...se me perdieron los apuntes del curso(los de mi libreta) y me esta costando trabajo armar el protocolo en el cual se define que puntos son landmarks, semilandmars y puntos de referencia. Te puedo molestar? solo dime que informacion lleva cada columna...mil gracias!!!
ResponderEliminarsaludos!
Llegue a este sitio q es muy bueno, pero q la verdad no me sirvio mucho para lo q estaba buscando...o a lomejor no lo encontre...nose...:P
ResponderEliminarla cosa es q quisiera saber si m puedes ayudar a buscar evidencias q muestren semejanzas filogeneticas...
t lo agradesco....
bye!!
=D
Muy interesante e importante este recurso gracias un feliz año nuevo
ResponderEliminarEnrique renterìa arriaga
Quibdo.choco-colombia
Felicidades por el trabajo en este blog, es muy importante como recurso que nos tenga actualizados a todos sobre las novedades sobre sistemática filogenética.
ResponderEliminarHOLA VIVO EN UNA ZONA TROPICAL Y ENCONTRAMOS UNA PLANTA (NO SABEMOS SI ES FLOR O FRUTO) Y QUEREMOS SABER SI ALGUIEN NOS PUEDE DECIR QUÉ ES??
ResponderEliminarPERO NO SE COMO SUBIR LA FOTO.
Hola mi nombre es Ricardo y estoy interesado en realizar un doctorado en sistemática molecular con pulpos. Hasta el momento no he encontrado una persona que pueda asesorarme en México. Busque en el Directorio de esta pagina web y todos los interesados en la filogenética trabajan con otros grupos de organismos por esta razón quiero preguntar si alguien me podría recomendar a alguna persona que trabaje sistemática de moluscos.
ResponderEliminarSaludos!
Feliz año 2010!
ResponderEliminarHola, soy de Perú, veo muy interesante y completo tu sitio web y lo mejor que en nuestro idioma. Tengo una duda, ¿es posible usar como marcador evolutivo a los ARNm (solo exones) teniendo en cuenta que puede haber mucha variaciones debido al splicing alternativo?
¿Conoces de otros sitios como CIPRES (http://www.phylo.org/) para analizar moderadas cantidades de secuencias?
Gracias
Hola a toda la comunidad y en especial al Dr. Efrain De Luna, un gusto haberlo conocido en el Taller de Sistemática Filogenética en Columbus, creo que usted es una de las personas pilares en el país para que se este haciendo buena escuela de cladistas, y ahora a Colima, sera otra gran experiencia, Saludos a todos.
ResponderEliminarfelicitaciones soy biologa especializada plantas,necesito informacion actualizada sobre biologia molecular en plantas,secuenciacion genomica
ResponderEliminarMuchas gracias por su blog. Apenas estoy iniciando en referencia de filogenia para RNA virus, pero como soy microbiologo me gustarian que me recomendaran libros de texto, paginas y articulos sobre la construccion de arboles y que debo tener en cuenta, ademas sobre lo de remuestreo. Como inicio investigacion, una parte es comprende la filogenia del virus dengue y entre otros, pero debo comprender muy bien lo anterior citado. Espero comprension por lo cometando y no creia, que habia blogs especializados en filogenia. Ademas me gustaria si disponen en subir los articulos citados de wiley sobre la preferencia de parsimonia sobre ML y asi. Gracias ..
ResponderEliminarHola Anonimo (22 Nov 2011):
ResponderEliminarPuedes navegar hacia una lista de libros recomendados en la pag web: http://www.filogenetica.org/libros.htm (enlace "Libros recomendados"). En particular te recomendaria el de De Salle, R., Giribet, G. & Wheeler, W. 2002.
En cuanto a la comparacion entre parsimonia y ML, puedes empezar con mi articulo De Luna et al 2005 (http://www.filogenetica.org/deluna_pdfs/05_filogenia_H15-3.pdf)
hala; me urge conocer la convocatoria pra el doctorado en educacion
ResponderEliminarcomo le hago para meter mis datos al bayes ya tengo el archivo en nexus.
ResponderEliminarpero al darle
en el bayes exe.cytb.nex
solo me dice error
al igual que cuando meto el archivo
ejemplo exe.primates.nex
me marca error
Hola Román,
EliminarTeclea el comando execute (espacio) y el nombre del archivo, por ejemplo cytb.nex, debes asegurarte que el archivo que quieras analizar este en la misma carpeta en donde tienes el ejecutable de MrBayes, de lo contrario tendrías que escribir toda la ruta, saludos
Gracias por tu respuesta. ya he podido abrir mi archivo para analizarlo.
EliminarEste comentario ha sido eliminado por el autor.
EliminarHola!
EliminarHe tenido también problemas al abrir mis archivos
Escribí: execute nombredemiarchivo.nex y el programa me dice que hay un erro en el comando Execute (ya me aseguré de algunas cosas: que mi archivo efectivamente esté en formato nexus, que mi archivo esté en la misma carpeta que el ejecutable del programa)
Probé escribiendo execute, Execute, EXECUTE, exe y Exe pero el programa me dice lo mismo. También probé escribiendo: execute y en vez de poner el nombre de mi archivo, arrastré el archivo a la ventana del programa, doy enter y me dice lo mismo: que hay un error en el comando execute.
No sé a qué se deba, espero me puedan ayudar.
Hola Jovana
EliminarImagino que solucionaste tu problema.
Por lo general, cuando sucede esto debes mirar con detalle el archivo nexus. Algunos problemas son fáciles de detectar. Por ejemplo: 1) el número de taxa o caracteres que indicas (arriba del archivo nexus) no coincide con el que detecta el programa, 2) algún símbolo o espacio entre tus datos que no reconoce, entre otros.
Si aún tienes problemas, puedes escribirme y te ayudo.
Saludos!!!
Carola
buenas noches soy estudiante de decimo semestre de biologia en chiapas y estoy haciendo una tesis sobre relaciones filogeneticas de hormigas, mis datos previamente analizados en paup fueron metidos al modeltest, y me dio el modelo evolutivo TIM2 I+G con ciertos parametros que ya he metido al bayes pero no se si tengo que meter tambien en el MRBayes la parte que me dice:
ResponderEliminarpartition= 010232 -lnL=9758.0677 Y k= 99 y si lo hago con que comandos los hago, habia metido k=99 como longitud de mi rama (prset brlenspr = unconstrained:exponential(99) pero luego lei que la k significaba el numero de parametros estimados y el la -lnl es el logaritmo negativo de maxima verisimilitud asi que ya no los meti. si alguien es digno de apiadarse de esta entidad biologica que apenas esta comenzando en estos trotes se lo agradecere.
El Manual de MrBayes es muy extenso y te debe servir de guia. Esta acá: http://mrbayes.sourceforge.net/manual.php y puedes bajarlo en PDF!
ResponderEliminarSaludos,
¿podrían decirme si existe algún programa con el cual pueda editar mis arboles filogeneticos?. de antemano gracias por su antencion y disculpen las molestias.
ResponderEliminarEditar archivos con arboles en notacion parentética (nexus)?
ResponderEliminar... archivos con informacion sobre valores de longitud de ramas?
que tipo de archivos? editar para que propósito?
Buenas tardes, quisiera contactarme con un grupo que haga filogenia en bacterias.
ResponderEliminarMuchas gracias!
Depende de donde estas.
EliminarSi estas en Mexico, te puedo recomendar contactes al Dr. Pablo Vinuesa, Ciencias Genomicas, UNAM, Cuernavaca, http://www.ccg.unam.mx/~vinuesa/
Hola Doctor Efrain. Mi nombre es Héctor Gasca. Estoy interesado en el taller. Es posible apartar un lugar para mi y para e una estudiante de nuevo ingreso 2015? Saludos
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